《萌学园之终极时空》以萌学园第四季结尾的金时空十年后为背景,延续时空战役的未解之谜。五星守护者(汪大东、陈思思、李晓东、黄子龙、周子扬)与神秘角色奈亚在时空战役后失踪,其力量碎片引发金时空异变。蜜诺娃为寻找五星与奈亚的下落,携时空守护者之力重返芭乐高中,却发现十年前的汪大东突然苏醒,其记忆与力量竟与当前时空产生量子纠缠。与此同时,曾因红色月亮消失的异能者乌克娜娜以能量体形态回归,暗示其与暗黑巢穴的隐秘关联。 故事中,萌骑士(帝蒂娜)的时空之门被意外重启,暴露出十二时空的深层秘密——金时空并非独立存在,而是被“时月之镜”操控的投影。幕后黑手“时之观测者”试图通过篡改时空线吞噬多元宇宙,而萌学园众人必须联合终极系列角色(如夏美、诺亚)破解时空悖论。随着铁时空异能行者的入侵、斯坦秘史的揭露,以及诺蓓儿体内封印的远古代码觉醒,一场跨越动画与影视IP的跨次元冒险就此展开。