在崩坏肆虐的末世中,休伯利安号承载着人类最后的希望。布洛妮娅因X-10实验室的崩坏能实验沦为半人半机械的怪物,却在圣芙蕾雅学园找到了久违的温暖。然而,当神秘舰长谢雨以德丽莎学院长的引荐加入船员时,平静的生活被打破。这位表面平庸的男性舰长,实则与德丽莎有着超越师徒的羁绊,更与战斗天使姬子上校保持着暧昧关系。随着“女仆调教”“幻梦”等事件接连爆发,舰长逐渐显露出对崩坏能的异常掌控力,甚至能与律化琪亚娜展开肉体博弈。布洛妮娅在守护同伴的信念下,发现休伯利安号的“乐园计划”背后竟隐藏着颠覆文明的阴谋——谢雨试图通过量子海航行收集终焉能量,将所有人改造成崩坏能容器。当背叛的真相浮出水面,布洛妮娅必须在机械躯壳与人性之间做出抉择,而德丽莎与姬子的过往羁绊,也牵扯出初代律者实验的惊天黑幕……