在核战争爆发150年的废土世界中，程序员裴宁猝死后穿越进末世生存游戏《第一废土基地》。开局获得的庇护所成为唯一生机，但地表辐射致命、寸草不生，连基础物资都需要从零创造。主角从培育变异蘑菇开始，逐步解锁水循环系统、辐射过滤装置等黑科技，在资源匮乏的极端环境中搭建人类最后的避难所。随着剧情推进，裴宁不仅要应对沙暴肆虐、变异生物侵袭等生存危机，还需破解前文明遗留的科技谜题——废弃实验室里封存的基因样本、地下城中残存的量子计算机、以及天空漂浮的神秘气象控制塔。当庇护所发展成拥有千人规模的生态城市时，游戏系统突然提示"检测到文明火种复苏"，废土深处传来其他幸存者的求救信号，而主角逐渐发现这个虚拟世界竟与现实核战爆发前的某个秘密实验有着惊人关联......