《名侦探柯南之毛利兰》以《名侦探柯南》原作世界观为基底，聚焦毛利兰的日常与隐藏危机。故事开篇从毛利兰清晨的校园生活切入，她如往常般与父亲毛利小五郎互动，却发现少年侦探江户川柯南神秘缺席。随着剧情展开，毛利兰逐渐卷入一系列精心设计的案件：从校园舞会的毒酒谜案到米花町连环绑架事件，她凭借敏锐观察力与柯南、少年侦探团合作破案。然而，黑衣组织的阴影悄然逼近——琴酒以毛利兰为目标设下陷阱，而她意外觉醒的“瞬间记忆回溯”能力，成为破解组织阴谋的关键。 故事穿插毛利兰与柯南的羁绊：柯南为保护她不惜暴露身份，而她在生死关头对柯南的信任与依赖逐渐升温。与此同时，平行时空的“毛利岚”（同人原创角色）因时空裂缝穿越而来，其与灰原哀的复杂关系、对原生家庭的执念，为剧情注入悬疑张力。最终，毛利兰在揭露组织“APTX4869”药物真相的过程中，直面父亲的懦弱与柯南的双重身份，在真相与谎言的漩涡中完成自我成长。